Blue Spring déverse 393 millions de litres d'eau à 22°C chaque jour, formant un cours d'eau si transparent que les pagayeurs peuvent compter les écailles des poissons depuis la surface. Le bassin de la source, qui atteint 7,6 mètres à son point le plus profond, sert de refuge fédéral pour les lamantins depuis 1972, date à laquelle les biologistes ont documenté pour la première fois les lamantins des Antilles hivernant dans cette eau à température constante. Aujourd'hui, le site protège l'une des concentrations les plus fiables de l'espèce en Floride, avec des décomptes dépassant 500 animaux lors des vagues de froid de janvier. Le cours d'eau s'écoule vers le nord sur environ 800 mètres avant de fusionner avec la rivière St. Johns, créant un couloir de navigation bordé de cyprès chauves et de palmiers choux. Les kayakistes se mettent à l'eau depuis la rampe désignée près de la zone des concessionnaires, où le courant est inférieur à un nœud. L'itinéraire passe sous une passerelle en bois où les visiteurs photographient les mêmes lamantins visibles par les pagayeurs. Les visites en kayak des lamantins à Blue Spring privilégient les départs matinaux, lorsque la lumière pénètre le mieux la colonne d'eau et que les lamantins restent actifs près de la source. L'aquifère calcaire alimentant Blue Spring appartient au système floridien, le même réservoir souterrain qui alimente Wakulla, Silver et Rainbow Springs. L'eau qui émerge ici est tombée en pluie des décennies plus tôt, filtrée à travers des centaines de mètres de roche carbonatée poreuse. La clarté qui en résulte permet à la lumière du soleil d'atteindre la végétation submergée, entretenant des herbiers qui nourrissent la faune herbivore. Les milans des marais et les courlans bruns chassent dans les hauts-fonds ; les loutres de rivière patrouillent sur les marges. Les itinéraires de visite en kayak des lamantins à Blue Spring restent en dehors de la zone interdite qui protège le bassin lui-même de novembre à mars, lorsque les lamantins se regroupent dans le refuge thermique et que l'accès humain à la source est interdit. Les expériences guidées incluent des interprétations naturalistes de l'écosystème de la source, couvrant la géologie karstique, les cycles hydrologiques et les adaptations physiologiques qui permettent aux lamantins de thermoréguler dans une eau plus chaude que la rivière environnante. Le parc impose des protocoles stricts d'observation passive : ne pas toucher, ne pas nourrir, ne pas poursuivre les animaux qui s'éloignent. Ces règles ont permis de maintenir la population de lamantins de Blue Spring stable même si les populations côtières déclinent, faisant du site une étude de cas en matière de tourisme durable lié à la faune.